Gephi 使用介绍.md

Gephi 使用介绍

Gephi 是基于 java 的一个开源的可视化元件，用于交互式的进行复杂网络分析， 支持所有的主流的操作系统。

官网下载(https://gephi.org/) 无脑安装， Macos 可以 homebrew 进行安装。

1. Gephi 的功能

1. 导入不同格式的网络来创建绘制一个新的网络

2. 对现有的网络进行编辑，添加和删除节点和连边

3. 改变节点的大小和颜色， 字体的大小颜色， 连边的粗细颜色，以及相关的属性值

4. 对网络进行基本的计算： 中心性， 聚类系数， 路径长度分布， 连通性，模块性

5. 对网络图进行不同的布局调整

6. 执行附加的插件

7. 以不同的文件格式导出修改之后的网络

8. PNG， PDF， SVG 格式保存 可视化的结果

但是长处也是短处 ， 交互式可视化导致的结果就是，不能执行批量化的分析处理， 不能自动化的调整参数， 不能结合机器学习。

2. 导入和修改一个简单的网络

1. 基本绘图

初始化界面包含三个标签 :

• 概览 ：交互性的创建

  • 渲染

  • 布局

  • 过滤和统计 ： 分析过滤

• 数据资料： 数字化编辑和研究

• 预览 ： 展现高质量的可视化结果

可以直接导入 nutrients.csv 文件， 之后使用渲染和布局部分组件调整颜色和分布

2. 基本的图绘制完成后，进一步探索

1. 根据 度变换节点的大小

2. 根据模块类别为节点上色

调出统计窗口运行模块化， 在“外观” 中选择“ modularity Class ”， 进行应用

3. 在布局中选择相应的合适的布局

• 网络较大，选择 Fruchterman-Reingold

• 小网络， 选择 ForceAtlas 2， 可以修改缩放为 100 ，使得节点之间尽可能分离

• 调整标签： 在 布局中选择， 使得标签位于合适的位置

4. 保存project， 存为 .gephi 文件， 避免数据丢失

5. 使用 预览作最后的输出

• 点击 刷新 按钮， 生成预览

• 左边栏调节节点和边的细节

• 输出 png /svg/pdf

3. Networkx 和 Gephi 结合

将 gephi 中绘图结果导出为 GraphML 格式， 这个文件保留在 Gephi 中分析的统计结果作为节点的属性保存。可以直接导入到 NetworkX， 进行进一步的分析。