Curso bioinformática y genómica

Modulo 1

Introducción a la programación y gestión de set de data

Dia01

• Introducción
• Panorama del curso
• Introduccion a Linux
• Práctica o demo: Linux, revisión de conectividad y equipos

Dia02

• Lenguajes y programas especializados en genómica
• Práctica: R para genómica

Dia03

• Tipos de bases de datos biológicas
• Práctica: accediendo bases de datos con R

Dia04

• Sistemas de almacenamiento de bases de datos de origen biológico
• Práctica R

Dia05

• Gestión de metadata
• Revisión de la semana
• Práctica R
• Cuestionario del curso

Modulo 2

Manejo de datos en linea, búsqueda y uso de datos disponibles en bases de datos. Compilación de scripts.

Dia06

• Resumen sobre aplicaciones de programas libres en internet y herramientas web relacionadas con bionformática parte I
• Práctica R

Dia07

• Resumen sobre aplicaciones de programas libres en internet y herramientas web relacionadas con bionformática parte II
• Práctica R

Dia08

• Compilación de scripts en R: documentación
• Práctica R

Dia09

• Compilación de scripts en R: paquetes
• Práctica R

Dia10

• Control de versiones con git
• Práctica

Dia11

• Presentación: Documentación de flujos de trabajos bioinformáticos 1 markdown
• Practica: Compilación de scripts de R para documentar flujos de trabajos bioinformáticos parte 1 reportes con markdown

dia12

• Presentación: Documentación de flujos de trabajos bioinformáticos 2 reportes interactivos
• Práctica: Compilación de scripts de R para documentar flujos de trabajos bioinformáticos parte 2 reportes interactivos

Modulo 3

Uso de secuencias de ADN y ARN

Dia13

• Presentación: Ensamblaje de genomas 1
• Práctica: Control de calidad y limpieza

Dia14

• Presentación: Ensamblaje de genomas 2
• Práctica: Ensamblaje de novo

Dia15

• Presentación: Ensamblaje de genomas 3
• Práctica: Ensamblaje mediante alineamiento

Dia16

• Presentación: Ensamblaje de genomas 4
• Práctica: Control de calidad de ensamblaje y optimizaciones finales

Dia17

• Presentación: Genética de poblaciones y diversidad
• Práctica: análisis de diversidad

Dia18

• Presentación: Análisis de Filogenia
• Práctica: Análisis de Filogenia

Dia19

• Presentación: Mejoramiento genético (selección genómica)
• Práctica: Mejoramiento genético (selección genómica)

Dia20

• Presentación: Análisis de expresión de genes RNA-seq y estrategias de identificación de genes para caracteres de interés agronómico
• Práctica: estrategias de identificación de genes
• Evaluación del curso por parte de los participantes mediante web.
• Cierre del curso y entrega de certificados de participación.